Fusion 3.1 soll sich von der Vorgängerversion 3.0 durch den schnelleren Start von Windows-Anwendungen, schnelleres Scrolling und eine flüssigere Darstellung der Windows-Bedienoberfläche Aero unter Mac OS X 10.6.3 abheben. Auch Spiele sollen durch die schnellere Grafik profitieren. Darüber hinaus unterstützt Fusion 3.1 nun auch die offene Grafikschnittstelle OpenGL 2.1 in Windows 7 und Vista.

Weitere Veränderungen betreffen das Suspend von virtuellen Maschinen (VM), das nun laut VMWare weniger Zeit braucht. Zudem werden ab Fusion 3.1 große virtuelle Maschinen unterstützt, inklusive 8-Wege-SMP (Symetrisches Multiprozessing) und Diskgrößen bis 2 TByte. Zuvor lag hier die Grenze bei 950 GByte.

Auch in Bootcamp-VMs sollen die Festplattenzugriffe fünfmal schneller sein. In Bootcamp-VMsfunktioniert mit Fusion 3.1 außerdem Microsofts Aktivierungsprozess für Office 2010. Am Mac hängende USB-Geräte können nun einfacher innerhalb einer virtuellen Maschine genutzt werden. Fusion merkt sich dabei auch den letzten Zustand vor dem Neustart einer VM.

Außerdem werden unter Fusion 3.1 laufende Windows-Anwendungen nun auch in Exposé und Dock Exposé verkleinert mittels Miniaturbild angezeigt. Dazu kommen einige Änderungen, die das Migrieren von einem PC oder die tägliche Arbeit mit Fusion vereinfachen. Mit dem mitgelieferten neuen OVF Tool 2 können virtuelle Maschinen zwischen verschiedenen Formaten (vSphere, VMX, OVF) konvertiert werden. Sie lassen sich so auch über vSphere verteilen. OVF-Pakete können in einen oder aus einem vApprun-1.0-Workspace übernommen werden.